Amenábar se propone otro reto personal ahondando en una historia rica, virgen cinemátograficamente hablando, y que le sirve como mera excusa para realizar una exposición crítica del fundamentalismo religioso durante la expansión del cristianismo en las postrimerías del Imperio Romano. Formalmente la película no tiene peros, aunque bien es cierto que quienes hayan sido testigos de las obras clásicas del péplum verán en Agora una hermana menor de aquellas obras míticas. El director se desenvuelve con soltura entre los recovecos de la biblioteca de Alejandría o en los enfrentamientos bélicos en el propio ágora gracias a un sabio uso de las grúas y del travelling, otorgando plena visión de una ciudad expuesta a los postulados de los fanáticos religiosos, capaces de mover masas y de lanzarlos al suicidio colectivo gracias a su poder de oratoria.
Los problemas de “Agora” provengan quizás en el aspecto narrativo, ya que el film se mueve entre lo instructivo y lo crítico, entre el drama romántico y el conflicto político-religioso, pero lo hace con ciertos vaivenes que no consiguen aunar con lógica fílmica un discurso que se desarrolla con excesiva frialdad y de espaldas al espectador. Así, las teorías astronómicas del personaje de Hypatia, un personaje rico en matices al que se le podía haber extraído mucha más información y protagonismo, quedan en un mero segundo plano ante la trama religiosa, provocando una cierta “cojera” que no reacciona hasta el tramo final del metraje. Ciencia y religión conviven durante todo el film pero en campos opuestos, sin tocarse, para finalmente dar respuesta a un desenlace quizás incoherente. Por otro lado, la frialdad de los personajes provoca la desnaturalización del aspecto romántico, y así asistimos a un gélido flirteo a dos bandas que no acaba de cuajar, al que le falta cierto brio y le sobra contención.